Der Bundesrat hat in seiner 939. Sitzung am 27. November 2015 beschlossen, zu dem Gesetzentwurf gemäß Artikel 76 Absatz 2 des Grundgesetzes wie folgt Stellung zu nehmen:
Zum Gesetzentwurf allgemein
Der Bundesrat fordert die Bundesregierung auf, die Arbeitsfähigkeit der Wasser- und Schifffahrtsverwaltung generell dadurch sicherzustellen, dass er durch geeignete Maßnahmen für ausreichend Personal sorgt und sich auch durch die Gestaltung der Arbeitsbedingungen um dessen Motivation kümmert.
Die Bundesregierung wird weiter aufgefordert, die Länder bei der inhaltlichen Ausgestaltung der Reform einzubeziehen und dafür zu sorgen, dass hinreichende dezentrale Kompetenz der Wasser- und Schifffahrtsämter geschaffen wird und nur unumgängliche Aufgaben zentral erledigt werden. Die geplante Ämterstruktur muss so gestaltet werden, dass auch vergleichbare Ämtergrößen entstehen, weil regionale Ansprechpartner mit entsprechender Entscheidungskompetenz für Landes- und Kommunalbehörden im Verwaltungsalltag tatsächlich schnell und in räumlicher Nähe verfügbar sein müssen. So wäre es nicht sinnvoll, für den Bereich der Nordsee drei Ämter vorzusehen und für den Bereich der Ostsee nur eines.