Der Bundesrat hat in seiner 897. Sitzung am 15. Juni 2012 beschlossen, zu dem Gesetzentwurf gemäß Artikel 76 Absatz 2 des Grundgesetzes wie folgt Stellung zu nehmen:
1. Zu Artikel 2 Nummer 2 (§ 7b ZAG)
Gemäß Artikel 2 Nummer 2 (§ 7b ZAG) des SEPA-Begleitgesetzes darf ein Zahlungsdienstleister bis zum 1. Februar 2016 einem Verbraucher Konvertierungsdienstleistungen für Inlandszahlungen anbieten. Dabei ist allerdings der Begriff "Inlandszahlungen" nicht zweifelsfrei definiert. Auch die Begründung liefert keine eindeutige Präzisierung.
"Inlandszahlungen" umfassen nach Auffassung des Bundesrates im Sinne einer verbraucherfreundlichen Auslegung neben Überweisungen und Daueraufträgen auch Lastschriften und insbesondere Einzugsermächtigungen. Um dies sicherzustellen, bittet der Bundesrat, eine entsprechende Präzisierung vorzunehmen.
2. Zu Artikel 2 Nummer 2 (§ 7c ZAG)
Der Bundesrat begrüßt die in dem Gesetzentwurf vorgesehene Ausnutzung der Übergangszeiten für die Umstellung der nationalen Kontonummern und Bankleitzahlen auf BIC und IBAN.
Der Bundesrat verweist auf seine Stellungnahme in BR-Drucksache 834/10(B) 
. In diesem Zusammenhang bittet der Bundesrat im weiteren Gesetzgebungsverfahren um Prüfung, ob die Weitergeltung eines vor dem 1. Februar 2014 gültigen Mandats eines Zahlungsempfängers zur Einziehung wiederkehrender Lastschriften im Rahmen eines Altzahlverfahrens gesetzlich festgestellt werden kann.
Begründung:
Durch die in Artikel 7 der Verordnung (EU) Nr. 260/2012 vorgesehene Möglichkeit der Abrede der Weitergeltung von Zahlungsmandaten durch Kundenvereinbarungen besteht die Möglichkeit der unangemessenen Benachteiligung von Verbrauchern und KMU. Durch eine gesetzliche Regelung des unbedingten Weitergeltens soll solchen Kundenvereinbarungen vorgebeugt werden.